NATURALEZA
De la orografía de este municipio, marcado por el fuerte vigor del relieve, cabe destacar el pico Jano, de 1.290 m, cumbre desde la que se pueden observar magníficas panorámicas del valle. Otros picos de montaña localizados en este municipio son Los Agudos (1.227 m) y Obios (1.222 m).
La abrupta topografía de la zona ha salvaguardado de la deforestación al monte Vaocerezo y Puñagro, en Pujayo, en cuyas 1.064 has dominan las hayas y los robles. Tanto este monte como los de Picayo y La Hoz (244 ha), pertenecientes a Pie de Concha y Bárcena, y los de Ano Braña y Cubanón (1.112 ha), en la localidad de Bárcena de Pie de Concha, están incluidos en el Catálogo de Montes de Utilidad Pública de la comarca del Besaya.
RIOS
La cuenca hidrográfica del Besaya, uno de los principales ríos de Cantabria, atraviesa todo el municipio de Bárcena de Pie de Concha, surcando las agrestes hoces de Bárcena, que constituyen uno de los pasos naturales entre los valles de Iguña y Campoo, así como el acceso principal desde la meseta castellana a Cantabria tras la construcción en el siglo XVIII del Camino Real. Estas gargantas, con sus marcados relieves rocosos de areniscas rojas del periodo Triásico, parcialmente cubiertos por robledales autóctonos y pinares de repoblación, tienen gran interés natural y paisajístico.
Además del Besaya, varios de sus afluentes discurren por el terreno hasta unirse con él. Así, por el margen derecho se localiza el río Torina, con un recorrido de 6,5 km, cuyo caudal queda regulado por el embalse de Alsa, mientras que por la zona centro del municipio y hasta fundirse con el Besaya discurre el río Bisueña, uno de sus afluentes más importantes. La cabecera del municipio la surca el río Galerón, dejando a su paso el pueblo de Pujayo.
FAUNA
Aunque Bárcena de Pie de Concha no pertenece al Parque Natural del Saja-Besaya está muy conectado con él, pues limita por la zona este. De esta forma, el bosque caducifolio de hayas y robles de Montabliz es paso de numerosas especies que conforman la representación faunística de la reserva. Además, en Montabliz, que fue zona osera hasta los años cuarenta, ha vuelto a aparecer la nutria, que ha llegado hasta aquí desde el río Argoza de Bárcena Mayor, a través de las cabeceras de los montes. Otros mamíferos mustélidos que habitan en estos bosques son los armiños y las comadrejas. También se localizan el tritón alpino y el desmán del Pirineo (también llamado ratón almizclero o, simplemente, almizclera), ambos protegidos. Junto a ellos, se cuentan aves como el pito negro (un ave muy delicada), águilas, gavilanes, azores y buitres.
Bárcena de Pie de Concha está incluido dentro de la Reserva Nacional del Saja, el coto de caza más extenso de España, con 180.186 has, que se extienden entre los Picos de Europa y la cuenca del río Besaya. Dos lotes de caza afectan a este municipio: el de Montabliz y el de Vaocerezo, que son querencia de invierno para grandes herbívoros salvajes, como jabalíes, ciervos y corzos. Además, en Bárcena de Pie de Concha hay un tramo del río Besaya en el que se practica la pesca libre, siendo la trucha la especie dominante.
FLORA
El bosque de Montabliz cuenta con robles y hayas centenarias, así como abedules, fresnos y castaños, además de algunos pinares plantados por el hombre perfectamente integrados en el ecosistema. También son importantes en estas zonas la vegetación de ribera del río Bisueña y el Galerón y los brezales, comunidad protegida por la normativa europea.
En lo que a árboles singulares se refiere, Bárcena de Pie de Concha cuenta con dos de especial relevancia: un secuoya gigante, de 28 m de altura y 7 de perímetro en la base, y un cedro del Atlas, que mide 20 m de alto, con ramificaciones a los tres metros que forman una extensa copa; tiene un perímetro en la base de 2,3 m. Ambos están emplazados en la Finca Cervatos y se encuentran en un excelente estado de conservación.